Hợp tác quốc tế là một trong những mặt mạnh của Trường. Thông qua các chương trình hợp tác với các tổ chức và các viện, trường đại học trên thế giới, Đại học Cần Thơ đã mở rộng và nâng tầm hoạt động về các mặt: quản lý, quy hoạch, giảng dạy, năng lực cán bộ, nghiên cứu khoa học, ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật, thông tin khoa học kỹ thuật, từng bước nâng cấp và bổ sung cơ sở vật chất, trang thiết bị. Hiện nay, Đại học Cần Thơ đã có quan hệ hợp tác với trên 80 viện, trường đại học và tổ chức quốc tế.
Trường Đại học Cần Thơ đã ký kết, thỏa thuận hợp tác với các tổ chức và viện, trường trong nước nhằm đẩy mạnh đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ, kỹ thuật cho cán bộ và nhân dân trong vùng. Mối quan hệ giữa Trường với các tỉnh trong vùng ngày càng được thắt chặt trong sự hợp tác, hỗ trợ lẫn nhau.
